Den högra och vänstra inre hypothalamuszonen utgör hypothalamus längsgående mittpartier. De är relativt cellrika och innehåller ett flertal mer eller mindre väldefinierade kärnområden:
Nucleus preopticus medianus
Nucleus preopticus medialis
Nucleus anterior hypothalami
Nucleus paraventricularis (hypothalami), del av
Nucleus dorsomedialis hypothalami
Nucleus ventromedialis hypothalami
Nucleus tuberomammillaris, del av
Nucleus premammillaris dorsalis
Nucleus premammillaris ventralis
Nucleus mammillaris medialis
Nucleus mammillaris lateralis
Nucleus posterior hypothalami
I gränsområdet mellan den inre och yttre hypothalamuszonen, på hö. och vä. sida, tar sig
1/ columna fornicis postcommissurala del ner till corpus mammillaris
2/ tractus mammillo-thalamicus upp till den främre thalamuskärnan och
3/ tractus mammillo-tegmentalis caudalt ner till hjärnstammen
Nucleus preopticus medianus
Nucleus preopticus medialis
Nucleus anterior hypothalami
Nucleus paraventricularis (hypothalami), del av
Nucleus dorsomedialis hypothalami
Nucleus ventromedialis hypothalami
Nucleus tuberomammillaris, del av
Nucleus premammillaris dorsalis
Nucleus premammillaris ventralis
Nucleus mammillaris medialis
Nucleus mammillaris lateralis
Nucleus posterior hypothalami
I gränsområdet mellan den inre och yttre hypothalamuszonen, på hö. och vä. sida, tar sig
1/ columna fornicis postcommissurala del ner till corpus mammillaris
2/ tractus mammillo-thalamicus upp till den främre thalamuskärnan och
3/ tractus mammillo-tegmentalis caudalt ner till hjärnstammen