Nucleus interpeduncularis ligger i fossa interpeduncularis botten i mesencephalon. Kärnan brukar räknas till det limbiska systemet och tar emot tractus habenulo-interpeduncularis/fasciculus retroflexus från habenulakärnorna.
Ett omfattande signalflöde utgår från nucleus interpeduncularis till den rostrala gruppen rafekärnor.