Den stora bakre rafekärnan räknas till den rostrala/övre gruppen rafekärnor och ligger i mesencephalons mittlinje framför (ventralt om) PAG. Kärnan består till ca. 80% av serotoninerga neuron - cellgrupp B7.
Kärnan sänder sina serotoninerga axoner in i "the medial forebrain bundle", tar sig via denna genom diencephalon, kommer ut i telencephalon och "bevattnar" där så gott som all grå substans; bark likaväl som kärnor.