Ett bestämt parti av hjärnvävnaden, ~1cm3 i volym, retas med hjälp av en riktad, mycket stark och kortvarig (1/1000 sekund) magnetisk impuls. Utsätts hjärnvävnaden för en serie sådana TMS-impulser (rTMS, r=repetitiv) upphör, under några minuter, aktiviteten i det retade området och man kan med olika tester försöka klarlägga det urkopplade områdets normala funktion/er. Metodens praktiska användbarhet och dess risker diskuteras livligt.
Jfr. med tDCS.