Amygdala har en central roll i samband med att känslor av typen rädsla, skräck och vrede utlöses, samt för de justeringar av blodtryck, andning, hjärtverksamhet etc. som krävs för att försätta kroppen i larmberedskap. Kärnan förefaller också att vara av största betydelse för inlärningen och minnet av starkt känsloladdade händelser, detta i samverkan med hippocampus.
Amygdala räknas till det limbiska systemet och ligger direkt innanför hjärnbarkslagret på tinninglobens under/insida längst fram i den parahippocampala vindlingen.
Amygdala, som kan delas upp i ett flertal mindre kärnpartier, tar emot signaler från och sänder ut signaler till en stor mängd olika hjärnbarksområden, till basala ganglierna och till kärnor i mellanhjärnan, bl.a. till hypothalamus (överlevnadscentrum).
Kärnkomplexet har omfattande kopplingar till associativa synbarksområden och tycks vara av betydelse för hur vi tolkar våra medmänniskors ansiktsuttryck särskilt med avseende på mimik som signalerar ilska eller fara.