Subthalamiska kärnan, en på hö. och en på vä. sida, tillhör mellanhjärnan (diencephalon) och ligger under själva thalamus i subthalamusområdet vid övergången nedåt mot mitthjärnan (mesencephalon). Kärnan räknas till basala ganglierna och är excitatorisk med en tonisk egenfrekvens på 20 Hz.
Den subthalamiska kärnan tar emot exciterande (glutamat-erga) signaler dels från thalamus (CM-PF komplexet) och dels från storhjärnsbarken, särskilt frontalloben, och driver på GPi-SNr som har en bromsande effekt på thalamus.
Den subthalamiska kärnan ingår som en omkopplingscentral både i "Den hyperdirekta vägen" och i "Den indirekta vägen" genom basala ganglierna mot thalamus.