Man skiljer mellan sensoriska och motoriska kranialnervskärnor.
Dom sensoriska kärnorna tar emot sinnesintrycken som förmedlas in till hjärnstammen av primärafferenta neuron i kranialnerverna V, VII, VIII, IX, X. Här sker en första behandling av informationen som sedan kan spridas vidare i systemet.
Kranialnerverna 1 & 2 (lukt- och synnerverna) är mycket speciella och saknar vad man kallar kranialnervskärnor.
Dom motoriska kärnorna består av motorneuron som sänder ut sina axoner i respektive kranialnerverna III, IV, V, VI, VII, IX, X, (XI,) XII.
Motorneuronen för den elfte kranialnerven (n.XI = n.accessorius) ligger inte i hjärnstammen utan i övre delen av ryggmärgens grå substans. Deras axoner bildar en trådbunt vid sidan om rygg-märgen. Bunten tar sig uppåt genom det stora nackhålet och in i kraniehålan. Den lämnar sedan kraniehålan genom en särskild kanal och dyker upp på utsidan av skallen som n. accsessorius.