Belägen på hö. och vä. sida i den inre/mediala hypothalamus-zonen. Kärnan tar emot afferens från bl.a. epithalamus, PAG, locus coeruleus, och nucleus solitarius. Efferensen från kärnan leds ut i MFB och vidare till bl.a. nucleus rafes dorsalis, locus coeruleus och den sympatiska ryggmärgskärnan.
Bakre hypothalamuskärnan deltar i kontrollen av kroppstemperaturen och förmodas spela med vid emotionellt utlösta stressreaktioner.