Den mediala habenulakärnan, en till hö. och en till vä. tar emot signaler från:
Bandaletta diagonalis
Nucleus septalis medialis via stria medullaris thalami
Rostrala rafekärnorna
PAG
Kärnan, med den acetylcholinproducerande cellgruppen Ch7, sänder enbart ut trådar via tractus habenulo-interpeduncularis till nucleus interpeduncularis som i sin tur har ett omfattande utflöde av signaler till de rostrala rafekärnorna. På grund av detta kommer den mediala habenulakärnan att bilda en del i den s.k. inre habenulära länken som fogar samman den septala regionen med de rostrala rafekärnorna.