Den laterala habenulakärnan, en till hö. och en till vä. tar emot signaler från:
Bandaletta diagonalis
Preoptiska hypothalamiska området
Substantia innominata
Globus pallidus inre parti (GPi)
Rostrala rafekärnorna
PAG
Area tegmentalis ventralis
Kärnan sänder ut pådrrivande signaler via tractus habenulo-interpeduncularis till:
Substantia nigra pars compacta
PAG
Rostrala rafekärnorna
Rostromediala tegmentkärnan
Signalutflödet ansluter inte till nucleus interpeduncularis utan bildar en del i den s.k. yttre habenulära länken som fogar samman det preoptiska hypothalamiska området och GPi med de rostrala rafekärnorna.
Kärnan (hos apa) aktiveras bl.a. när en förväntad belöning uteblir